EcoAlbania funksionon në bazë të procedurave të hapura dhe demokratike, përcaktuar më hollësisht në statutin ligjor të organizatës. Këto procedura të brendshme sigurojnë efektivitetin e menaxhimit të veprimtarive financiare të organizatës. Siç parashtrohet nga Statuti i EcoAlbania-s instrumenti kryesor që siguron administrimin dhe kontrollin e gjithë organizatës janë Bordi Drejtues dhe Drejtori Ekzekutiv.
Bordi Shkencor përfshin profesor të mirë-njohur të Universiteti të Tiranës me një eksperience të gjatë në kërkimet shkencore dhe mbrojtjen e natyrës.
Stafi i EcoAlbania është një grup njerëzish me përvojë dhe të motivuar të udhëhequr nga një fryma e bashkëpunimit në grup.
EcoAlbania është tërësisht e pavarur nga institucione të tjera (veçanërisht qeveritare, politike, biznese, etj). Për të arritur objektivat, EcoAlbania përdor financime dhe burime publike dhe institucionale. Megjithatë EcoAlbania zgjedh financime që janë të arritshme vetëm nëpërmjet procedurave të hapura dhe transparente, me qëllimin e vetëm financimin e veprime që lidhen me kërkimin shkencor, ruajtjen, monitorimin dhe edukimin mjedisor.
